Projektinė veikla yra dinamiškiausia Fizinių ir technologijos mokslų centro mokslinės veiklos komponentė. Besiplėtojanti per Lietuvos mokslo tarybos ir Mokslo, inovacijų ir technologijų agentūros (MITA) remiamus projektus šalies lygmenyje, bei per Europos Sąjungos, JAV ir kitų šalių bei užsienio mokslinių organizacijų sponsoriaujamą veiklą tarptautiniu mastu, ji lieka pagrindiniu veiksniu, katalizuojančiu proveržius bei naujų temų atsiradimą mokslinėse kryptyse. Svarbus akcentas tenka verslo subjektų užsakymu atliekamiems tyrimams, stimuliuojantiems inovacinę aplinką ir high-tech verslo augimą.